O dată cu redeschiderea expoziţiei de bază a muzeului într-un conţinut şi formă noi, în august 1983, s-a căutat reintegrarea lui în viaţa ştiinţifică şi culturală locală şi naţională. Una dintre propuneri, materializată chiar până la sfârşitul aceluiaşi an, a fost Sesiunea știinţifică anuală de referate şi comunicări: „Dunărea şi Marea în istoria poporului român”. În decursul anilor au fost organizate nu mai puțin de zece ediţii sub acest generic: 19-20 decembrie 1983, 2-3 august 1984, 2-3 octombrie 1985, 2-4 octombrie 1986, 28-30 septembrie 1987, 9-11 mai 1988, 25-27 mai 1989, 29-31 octombrie 1990, 6-8 iunie 1991 şi 28-29 iunie 1999.
Din anul 2000 au început să fie organizate sesiuni de comunicări ştiinţifice de o mai mare amploare, acestea reunind anual peste 700 de profesori, cercetători, muzeografi din Universitatea Națională de Apărare „Carol I”, Institutul de Istorie „Nicolae Iorga” al Academiei Române, Institutul de Studii Sud-Est Europene Bucureşti, Universitatea Bucureşti, Institutul de Istorie Cluj-Napoca, Institutul de Istorie „A. D. Xenopol” Iaşi, Biblioteca Academiei României, Biblioteca Naţională a României, Biblioteca Județeană „I. N. Roman” Constamța, Academia Navală „Mircea cel Bătrân”, Muzeul de Artă al României, Muzeul Naţional de Istorie a României, Muzeul de Istorie Naţională şi Arheologie Constanţa, Complexul de Ştiinţe ale Naturii Constanţa, Muzeul de Artă Constanţa, Biblioteca Judeţeană Constanţa, Biblioteca Judeţeană „V. A. Urechia” Galaţi, Complexul Muzeal Iaşi, Muzeul de Ştiinţele Naturii „Grigore Antipa”, Muzeul Militar Naţional „Regele Ferdinand I” București, Muzeul Brăilei „Carol I”, Muzeul Judeţean Galaţi, Institutul de Cercetări Eco-Muzeale „Gavrilă Simion” Tulcea, Muzeul Judeţean Giurgiu „Teohari Antonescu”, Complexul Muzeal Arad, Arhivele Naționale Militare Române, Direcțiile Județene ale Arhivelor Naționale din Constanţa, Drobeta-Turnu Severin, Galaţi, Giurgiu ș.a.
„Spaţiul dunărean şi al Mării Negre de la istorie la perspectiva integrării europene” – sub acest titlu, în perioada 27-29 octombrie 2000, Muzeul Național al Marinei Române a organizat la Brăila, cea de-a XI-a ediţie a sesiunii sale ştiinţifice. Manifestarea s-a bucurat de susţinerea generoasă a Comandamentului Flotilei Fluviale „Mihail Kogălniceanu”, care, în colaborare cu Institutul pentru Studii Politice de Apărare şi Istorie Militară, prin „Revista de Istorie Militară”, cu sprijinul Fundaţiei „Hanns Seidel”, au conlucrat efficient cu Muzeul Național al Marinei Române pentru a marca împlinirea a 140 de ani de la înfiinţarea Corpului Flotilei.
În organizarea celei de-a XII-a ediţii a sesiunii de comunicări ştiinţifice, Muzeul Național al Marinei Române s-a bucurat din nou de colaborarea Institutului de Studii pentru Politica de Apărare şi Istorie Militară şi a „Revistei de Istorie Militară”, precum şi de sprijinul Fundaţiei „Hanns Seidel”. Lucrările sesiunii s-au desfăşurat sub genericul „Spaţiul dunărean şi al Mării Negre de la istorie la integrarea europeană”, în perioada 10-12 octombrie 2001, oraşul gazdă fiind de această dată, Constanţa.
În 2002, între 2-4 septembrie, împreună cu aceiași parteneri, Muzeul Național al Marinei Române a organizat sesiunea științifică cu tema „Marea Neagră, o mare comună, o istorie comună, un viitor comun” care s-a desfăşurat la Constanţa bifând astfel, cea de-a XIII-a ediţie întâlnirii.
Anul 2003 a însemnat pentru ţinutul dintre Dunăre şi Marea Neagră, aniversarea a 125 de ani de la revenirea sa în cadrul statal românesc, iar Muzeul Național al Marinei Române și-a dedicat sesiunea anuală acestui eveniment special organizând ediţia a XIV-a a evenimentului sub titlul „Dobrogea, Dunărea şi Marea Neagră în istoria românilor”, între 18-20 iunie la Constanţa. Tot cu acest prilej s-au marcat cinci ani de fructuos parteneriat ştiinţific cu prestigioasa Fundaţie „Hanns Seidel”, derulat între anii 1999-2003.
Cu ocazia împlinirii a 35 de ani de activitate în slujba culturii române, Muzeul Național al Marinei Române, cu sprijinul Fundaţiei „Hanns Seidel”, Ministerului de Interne al Republicii Federale Germane, al Ministerului Culturii şi Cultelor şi a Statului Major al Forţelor Navale, a organizat Primul Congres internaţional de istorie navală din România, cu tema „Dunărea în istoria Europei”. Lucrările Congresului, desfăşurate la Hotelul „Perla” din Mamaia, au reunit cercetători, istorici, cadre didactice, arhivişti, analişti politici din diferite state europene precum: Germania, Grecia, Italia, Marea Britanie, Federaţia Rusă, Turcia, România, reprezentând instituţii marcante de cultură.
În perioada 25-27 mai 2005 s-a desfăşurat la Brăila cea de-a XVI-a ediţie a sesiunii de comunicări ştiinţifice cu participare internaţională „Dunărea şi Marea Neagră în istoria Europei”.
2006-2009 au fost ani de reconsolidare a clădirii și refacere a expoziției permanente a Muzeului Național al Marinei Române, timp în care toate eforturile au fost îndreptate către completarea bazei documentare, a colecțiilor și reconceptualizarea spațiilor de expunere.
Din anul 2010 s-a reluat organizarea sesiunii devenită de-acum tradiţională, prin desfăşurarea celei de-a XVII-a ediţii, pe 6 octombrie 2010 desfăşurându-se la sediul muzeului, sesiunea științifică naţională cu tema: „Forţele Navale Române-150 de ani de istorie naţională (1860-2010)”.
Cu timpul, participarea la evenimentul de marcă al MNMR s-a amplificat și s-a diversificat. Pe lângă lucrări de istorie a marinei și istorie militară s-au abordat și subiecte de istorie generală, geopolitică și geostrategie, memorialistică, arhivistică, biblioteconomie, restaurare și conservare a patrimoniului, istorie a tehnicii, devenind tot mai clar faptul că numai prin interdisciplinaritate se pot înțelege cu adevărat evenimentele care dau un anumit curs istoriei.
Prin urmare, lucrările tradiționale și-au schimbat din nou „calibrul” și de 10 ani au început să se desfășoare ca și conferință științifică națională cu titlul: „Dunărea și Marea Neagră în spațiul euroasiatic. Istorie, relații politice și diplomație”. Manifestarea a căpătat și un periodic propriu, cu apariție anuală și același nume ca al Conferinței și care, în 2022, va ajunge la cel de-al zecelea tom.
